摸索了如下几种方式：
1、使用iframe，然后对$('a[target=_blank]')进行处理，这个办法肯定是可以的，但是iframe太奇怪了，你把一个页面套在另外一个页面中，这样搞简直不是做本地程序的道理，虽然网上有人用iframe实现了一个浏览器，但对于有洁癖的人来说实在忍不了。
2、使用nw.Window，官方提供了一个所谓的new-win-policy事件来处理类似需求，然而根本没效果，从网上查外国论坛的说法，人家都说没见过任何成功的案例，所以从这个里跳出来的窗口仍然没有比较合理的处理办法，还是在DOM里查找$('a[target=_blank]')。google官方的文档里可以用chrome.App.window.getAll()，但是得到的Object其实根本没法处理。而且就算可以，我们也不能等窗口已经弹出再关掉吧？
3、使用<webview>tag，这个东西可以像iframe一样套在页面中，而且这个东西默认就是不许弹窗的，chrome官方还提供了newwindow事件来通知我们有人要弹窗了，你不必跑到dom里去挑三拣四，所以这个是最好的办法，但问题这个标签根本不稳定，遇到动不动就崩溃，而且无法找到原因，看样子和flash有关。（12/4更新：我已经搞定，目前已无崩溃现象）
官方文档2：webview tag
我记得很多年前我搞过electron，但现在只记得有这么一回事，而不知道怎么搞了。而且相关的工具链太长了，Nw-Js好像简单很多，所以选择了nw-js，但是现在感觉有点后悔，还不如直接搞IE内核。